El Museo de Bellas Artes se encuentra ubicado sobre el antiguo solar del Convento de la Trinidad, desaparecido a consecuencia de la desamortización eclesiástica del Siglo XIX.



En un primer momento el Museo estuvo situado en el Salón de Levante del Teatro de los Infantes pero a causa de las necesidades de ampliación y mejora de las instalaciones se trasladaron las colecciones al salón principal del desaparecido Palacio del Contraste de la Seda, ubicado en la Plaza de Santa Catalina, espacio que pronto resultó ser insuficiente.



A finales del XIX es patente la necesidad de dotar al Museo de un edificio propio. De este modo, hacia 1903-1905 el arquitecto Pedro Cerdán Martínez inicia la construcción, junto a la escuela nacional, del Museo Provincial. Éste se inaugura en 1910 incorporándose años más tarde las dos grandes fachadas barrocas del Palacio del Contraste de la Seda.



En los años setenta el Museo se amplía y se reforma, gracias al proyecto de Pedro Sanmartín Moro, dotándolo de renovados planteamientos museográficos, tras el traslado de las Colecciones arqueológicas a la Casa de la Cultura y el Belén de los Riquelme o Belén de Salzillo al a su actual emplazamiento.



Tras esta última remodelación, llevada a cabo desde 2000-2005, el MUBAM cuenta con un sistema de infraestructura y acondicionamiento técnico afín a la museografía del siglo XXI.